Bác sĩ Lê Thanh Phong tốt nghiệp Bác sĩ đa khoa tại Đại học Y dược Cần Thơ năm 2003, tốt nghiệp chuyên khoa sơ bộ chẩn đoán hình ảnh năm 2019 tại Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch thành phố Hồ Chí Minh. Bác sĩ Phong nhận chứng chỉ siêu âm bụng tổng quát năm 2013 tại Cao đẳng Y tế Cà Mau và chứng chỉ siêu âm Tim mạch – Mạch máu năm 2019 tại Bệnh viện Chợ Rẫy – TP. Hồ Chí Minh.
